http://www.ccfuns.org/ ここから出ている次世代スパコンについての声明がマスコミでよく引用されていますが...計算機科学/コンピュータサイエンス出身の僕ですが(できそこないでしたが)、このコンソーシアムについてこないだ初めて知ったのですよね。で、な…

http://xlwrap.sourceforge.net/ http://ebiquity.umbc.edu/project/html/id/82/RDF123?pub=on#pub http://d.hatena.ne.jp/kwg/20090924/p2 http://d.hatena.ne.jp/kwg/20090924/p1 ようやく見つけた。やはり論文としてまとまっているブツはすばらしい。背景…

http://slashdot.jp/developers/09/11/12/047211.shtml http://google-opensource.blogspot.com/2009/11/hey-ho-lets-go.html http://golang.org/ Googleからリリースされた新しいプログラミング言語、Go。本家はgolang.orgなので、goじゃなくてgolangで検索…

http://blogging.from.tv/wp/2009/06/23/2298 http://store.apple.com/jp/product/TR361J/A http://www.microsoft.com/japan/hardware/mouseandkeyboard/DownloadResult.aspx?prod=m_wnpm8000&os=mac_mk&lang=jpn&driverVersion=IntelliPoint%206.3%20For%20…

http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/index.html Galaxyの次はコレ、かも。MGED12でもワークショップが行われていたらしいブツ。ユーザ/現場目線なツールの香りがする。ワークフロー、って言いたいだけで現場の解析に興味の無いヒト…

http://www.dipity.com/ http://blogs.itmedia.co.jp/knowledge/2008/05/dipity-8350.html メモ

http://hinv.jp/HEAT/help/help_jp.html ええ？これって、ほんとにGSEAっていうのかしらん?よくわかんないけど。 本家 http://www.pnas.org/content/102/43/15545.abstract

http://integrativebioinformatics.nl/histone/TableToRDF.html http://integrativebioinformatics.nl/histone/resultSesameRDF.html こんな記事をみつけた。メモしとく。あ、あとこんなモジュールもある http://search.cpan.org/~arshad/RDF-Converter-CSV/

http://sswapmeet.sswap.info/map/map.owl http://sswapmeet.sswap.info/map/units http://sswapmeet.sswap.info/map/startPosition http://sswapmeet.sswap.info/map/endPosition http://sswapmeet.sswap.info/map/chromosomeNumber SemanticWeb/RDFなスタ…

「BioHackathon のまとまった記事としてははじめてのもの」とのことで、楽しく読ませていただきました。いつもはタイトルだけ眺めて、適当なところをつまみぐいしておわり、なことが多いのだけれど。なんか学会誌にこのトピックが掲載されるのが（いい意味で…

PLoS Comput Biol 5(8): e1000482. doi:10.1371/journal.pcbi.1000482 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000482 Rのコースをビルドするのに役立ちそうな記事。121ページものスライドが置いてあったりもする(S1)。

主成分分析(PCA)みたいなもう一つの手法ってあったよな...と記憶を掘り返していたら、独立成分分析(ICA)であった。 http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%8B%AC%E7%AB%8B%E6%88%90%E5%88%86%E5%88%86%E6%9E%90 http://blog.kzfmix.com/entry/1226406576

少しハマったのでメモ。 # set MYSQLLIBS export MYSQLLIBS='/opt/local/lib/mysql5/mysql/libmysqlclient.a -lz /opt/local/lib/libssl.a /opt/local/lib/libcrypto.a' が必要。 http://charybdis.eeb.ucla.edu/brantswiki/published/InstallingBlat ちなみ…

Solving a Hamiltonian Path Problem with a bacterial computer. J Biol Eng. 2009 Jul 24;3(1):11 Authors: Baumgardner J, Acker K, Adefuye O, Crowley ST, Deloache W, Dickson JO, Heard L, Martens AT, Morton N, Ritter M, Shoecraft A, Treece J, U…

http://weblearningplaza.jst.go.jp/ 意外に豊富なコンテンツ。JST、意外と頑張ってます。統合TVと双璧をなすコンテンツだったりなんかして。「技術者の継続的能力開発や再教育の支援を目的とし、科学技術振興機構が無料にて提供する、技術者向けｅラーニン…

http://www.scribtex.com/ これは楽しい。TeXのソースをshareするのって、イマドキなんだかそうでないんだかよくわからなくなるけど ^^;。なんだかページ構成がrailsっぽいよね... と思ったら、やっぱりそうみたい。

http://gmailblog.blogspot.com/2009/07/tasks-graduates-from-gmail-labs.html http://www.lifehacker.jp/2009/07/googlegooglelabs.html やぺ。calendarとの連携は気づいていなかった。結局、OmniFocusも使わずに紙媒体に落ち着いたことだし、おおまかなタ…

http://www.lifehacker.jp/2009/07/gmaildocsbeta.html まぁ、記事のタイトルはともかくこの一文にウケた ちなみにGmail Labsには精神的安定のために「Gmail のロゴをおなじみのベータ版に戻します」という機能が新しく追加されました。 んなアホなはなしあ…

PLoS Comput Biol 5(7): e1000431. doi:10.1371/journal.pcbi.1000431 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000431#fn1 こういうプロジェクトがGenome center/projectからじゃなくってGOというフレームワークからでて…

http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.0030213 謙遜などわすれてしまえ 心の準備をせよ 年齢は重要である 賢さだけでは不十分である。勇気も必要だ。 ベストのコンディションを確保せよ 精一杯はもちろんだが、効率的に働け …

なんだかPLoS Computational Biologyの宣伝ばかりしてるみたいだ (^^; http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.0030229 情熱をもって成功への力とせよ 正しいメンター、研究室、プロジェクトを選択せよ 自分の頭で考えることが…

おもしろ http://collections.plos.org/ploscompbiol/corefacilities.php こんなトピックがある: The Need for Centralization of Computational Biology Resources Establishing a Successful Bioinformatics Core Facility Team Managing and Analyzing Ne…

http://ufcpp.net/study/dsp/frequency.html http://www.onosokki.co.jp/HP-WK/eMM_back/03_05_29.htm http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%91%E3%83%BC%E3%82%BB%E3%83%90%E3%83%AB%E3%81%AE%E5%AE%9A%E7%90%86 http://www.neurosci.aist.go.jp/~kurita/le…

http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_logo これをインプリして、Genome Resというのはなんだかすごい。 http://weblogo.berkeley.edu/ http://www.genome.org/cgi/content/abstract/14/6/1188 bioCのインプリ。 http://www.bioconductor.org/packages/2.4…

正式名称はEMBOSS Explorerだったそうな。てっきりEMBOSS GUIかと思っていました。いやだってURLが...とか言い訳しないように > 自分 http://embossgui.sourceforge.net/ ちなみにDBCLSでのミラーはこちら: http://emboss.dbcls.jp/ むむ。日本語化されてる…

http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2009-June/003607.html おぉ。よかったですね

http://www.google.com/squared googleの新機能。検索結果(の一部と、その検索そのものに対するURL)をスプレッドシート形式で表示する、ただそれだけの機能なんだけれどもこれはすご。検索結果の中で不要なものを削除したり、新しい検索ワードを行として追加…

https://symposium.lifesciencedb.jp/2009/poster.html JSBi会長な先生が、ご自身でポスターを出されるのですね。ちょっと一瞬びびった。今はその機会が無いのだけれど、ALNツールは、一度がっつり使ってみたい。「BLATもexonerateもダメダメ、ALNだよ」とか…

あれれ、メモしてなかったのでメモ [q-value] http://genomics.princeton.edu/storeylab/qvalue/index.html http://cran.r-project.org/web/packages/qvalue/index.html 使い方 > install.packages("qvalue") # 一回だけ > library("qvalue") > qvalue(VECTO…

% genePredToPsl -bedFormat ucsc_hg18 target.bed /dev/stdout | clusterPsl /dev/stdin /dev/stdout | awk '{printf "%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t\%s\n",$1,$2,$3,$14,$5,$6}' target.bedをcatでgenePredToPslへつっこまないコト。