2004-06-01から1ヶ月間の記事一覧

7/9 バイオインフォマティクスセミナー@kazusa

bio

http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/message/2442 わぉ。惹かれる文面を抜粋 演者が開発したタンパク質コード領域判定プログラムの紹介 そして、 ※かずさDNA研究所前を通るバスが増えました \(^^)/ すっごくうれしい(いつも、バスに乗り遅れ…

結果を出す時間がない

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一昨日は、2時間睡眠になっちまったけど、ダメだった。ま、時間だけの問題ではなく、ボク自身にも問題はあるんだけど。間に合わず、申し訳ない。

ChangeLogメモ活用

http://itoshi.tv/d/?date=20040624#p01 http://nais.to/~yto/doc/zb/0016.html#todokanri http://nais.to/~yto/doc/zb/0016.html#kakeibo todo管理は、実際に僕もこんな感じでやってますね。朝に書いたアイテムが消化されてないと、ブルー入る感じ。家計簿…

cygterm

http://itoshi.tv/d/?date=20040622#p01 http://www.dd.iij4u.or.jp/~nsym/cygwin/cygterm/ http://www.ringolab.com/note/daiya/ メモメモ。それにしても、相変わらず僕の生活環境はwindowsへ移行してないな(特にしたいわけではないので、いいんだけど)。

EPDがupdate

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http://www.epd.isb-sib.ch/ 更新内容は、こんな感じらしひ。 - promoter sequence download of seqments in the range of -9999 and 10000 bp relative to the transcription start site enabled - files epd79.blk and epd79.seq (available on ftp site) …

lftp

http://dnamicroarray.org/t/20040619.html#p05 http://lftp.yar.ru/ 最近僕は、ftpクライアントとして、専らlftpを使ってます % lftp lftp> ls dir/ lftp> mirror dir ってな工合に、mirrorとかも簡単にできて、とっても便利。

ももんが家計簿

http://hoged.tdiary.net/20040619.html#p03 http://wiki.fdiary.net/MoBo/ ももんが家計簿 => MoBo => モボ => モダンボーイ!? それはともかく、こりゃよさげ。使ってみよっかな?

MySQL テーブルの最大サイズ

http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/Table_size.html http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/ALTER_TABLE.html 「デフォルトでは」4Gbyte.もっと大きいサイズにしたい場合は、'ALTER TABLE' 等で変更してやる必要アリ。

MySQLでのjoin

次の2文で、実行速度がちがう場合がある(少くとも今のヤツは、後者が速い)。 select * from A , B where A.id = B.id select * from A join B on A.id = B.id

GNU makeって

べんりやなぁ、今さらだけど。これから、Compile時以外にも使っていきそうな予感。

Rのwrite関数出力を標準出力へ

http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%C7%A1%BC%A5%BF%A5%D5%A5%EC%A1%BC%A5%E0Tips%C2%E7%C1%B4#content_1_10 出力ファイルとして、""(空文字列)を指定してやるのか。ちと悩んだ。

godatabase.org の Example SQL

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http://hoged.tdiary.net/20040615.html#p03 http://www.godatabase.org/dev/sql/doc/example-queries.html こりゃいいexample。

最近、更新してませんが

etc

一応、生きてます。

Pfamにびっくり

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Pfam-Cって、なんだ? userman.txtにも記述がないみたいだけど... (追記)ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/relnotes.txtに記述がありました。早とちり。 ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/Pfam-C.gz iPfamってのができてる! しらんかった…

kernlab

http://hoged.tdiary.net/20040608.html#p03 http://cran.r-project.org/src/contrib/Descriptions/kernlab.html SVM, kernel法のためのRパッケージ。メモメモ。

教育と教材と著作権

http://slashdot.jp/articles/04/06/07/1027246.shtml?topic=27 これは、正当な主張と思われ。

正気を失う著作権

http://blog.japan.cnet.com/lessig/archives/001300.html いきすぎた著作権の主張は、クリエーターをダメにする。

Knoppix for Bio 1.2

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http://itoshi.tv/d/?date=20040607#p05 http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/knob-friends/20040608/000006.html http://knob.sourceforge.jp/CD-image/1.2/ すばらしい。メモメモ。EMBOSS.defaultが更に強化された模様。

gbrowseでh_featをonにするパッチ

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http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?thread_id=4864034&forum_id=31947 gmod-gbrowse MLより。 --- gbrowse.orig Tue Jun 1 11:31:18 2004 +++ gbrowse Tue Jun 1 11:39:59 2004 @@ -684,7 +684,8 @@ param(name => $settings->{name}); } - fore…

輸入CDの無差別規制法案、原案通り可決

http://slashdot.jp/articles/04/06/03/1212250.shtml?topic=50 まったくもって、残念無念。参考URL http://copyrights.livedoor.biz/ http://copyrights.livedoor.biz/media.html http://copyrights.livedoor.biz/label.html http://copyrights.livedoor.bi…

アセンブラ(for EST)の比較

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http://mapage.noos.fr/hubert.wassner/ESTclusters/zEST_intro.html なんとなく、見付けたのでメモ。TIGR AssemblerやCAP3、PhrapとzEST(なるモノ)を比較してる。参考URL http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/message/1936

FC2のレビュー

http://japan.linux.com/desktop/04/05/31/1515238.shtml?topic=1 良きにつけ悪しきにつけ、超最先端のテクノロジ、なんだそうな。当面、僕は使わないだろうけど...

で、結局

etc

購入した本は、資産運用系のモノ。いままで、あまりに無頓着だったので、最近もりあがってみてる。資産という程のものはないんだけれど...

タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス (ISBN:4061538551)

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http://transgenic.cats.st/adiary/adiary.php?20040601#2 今日、めずらしく時間ができたので、本屋さんに寄ってみた。噂のR本をチェックしようかと思ったんだけど見つからず、ぶらっと眺めてたら上記の本が目に入った。 ざっと手に取ってみただけなのですが…

漢字コード変換

http://www.namazu.org/~satoru/diary/20040601.html#p01 nkfの他にも、qkc, kf, wkf, kcc, ack, skfなんてのもあるそうな。いろいろあるなぁ。全然知らなかった。ちなみに手元の環境では、kccが既に入ってた。

Bio-emboss

ftp://genome.dkfz-heidelberg.de/pub/emboss/perl/ というPerlライブラリがあるのを知る。メモ。