src/hg/makeDb/trackDb/human/hg18/trackDb.wgEncode.ra より、かいつまんでみる。 top levelは、superTrack (wgEncodeReg) 2nd levelは、container multiWig (wgEncodeRegTxn, wgEncodeRegMarkEnhH3k4me1, ...) 3rd levelにフツーのwig。 track wgEncodeReg…

http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Local_tracks_at_mirror_sites hg.confに db.grp=grp_lab,grp と書く。

src/hg/makeDb/trackDb/READMEより。 The database loading procedure is hgBbiDbLink hg19 myLocalBigWig /gbdb/hg18/bbi/myLocalBigWig.bw which is equivalent to: hgsql hg19 -e 'drop table if exists myLocalBigWig; \ create table myLocalBigWig (fi…

とかいいながら、compositeと同じようにグルーピングするスキームとして、'container'というのがある。aggregateできる、ということらしいので、最近ENCODE regulation track用に追加されたコンセプトなのかもしれない。 Container tracks are yet another w…

トラックをグルーピングしたものを、COMPOSITE TRACKS, グルーピングされている各々のトラックをsubtrack、と呼ぶ。たとえば、vegaGeneの定義 in ./src/hg/makeDb/trackDb/human/hg19/trackDb.ra track vegaGeneComposite compositeTrack on shortLabel Vega…

./src/hg/makeDb/trackDb/human/hg18/trackDb.ra の中で include trackDb.encode.ra なんてこともできる

src/product/README.trackDb src/hg/makeDb/trackDb/README メモ。