http://www3.atword.jp/kmgs/2008/11/28/r%E3%81%A7%E4%B8%A6%E5%88%97%E5%87%A6%E7%90%86-snow%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%AA/ http://cran.r-project.org/web/packages/snow/index.html applyをマルチCPUで並列化してくれればいいのに、と…

マイクロアレイの分析は「かならず」多重検定になるので、しかるべき補正をしなければならぬ 本当にこんなことを意図したコメントだったのかなぁ。 フツーにマイクロアレイ解析して出てきたp-valueをそのまま使ってるけど、false positiveがっつりでるのは知…

% cat file.bed | awk '{printf "nibFrag -name=\"%s:%d-%d,%s\" -masked ~/db/nib/%s.nib %d %d %s /dev/stdout \n", $1,$2,$3,$6,$1,$2,$3,$6}' | bash | cat > file.fa こちらを参考に http://www.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2006-November/012192.ht…

% dnaMotifFind dnaMotifFind - Locate preexisting motifs in DNA sequence usage: dnaMotifFind motifFile sequence.fa output.tab options: -markov=level Level of Markov background model - 0 1 or 2 -background=seq.fa Sequence to use for backgrou…

http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.0/emboss/apps/jaspscan.html EMBOSS-6系には、jaspscanなるものがあるらしひ。jaspextract、っていうのを使ってデータをセットしておけば、matrixにはIDでアクセスでき、matrix scanがとってもお手軽。

http://code.google.com/intl/ja/apis/chart/#venn http://d.hatena.ne.jp/kwg/20080516/p1 R/bioconductorなlimma packageに含まれている関数は、面積を適当に調節してくれない。今のところ、google chart APIが最強。svgとかでもexportできるようになった…