FDR / q-value

あれれ、メモしてなかったのでメモ

[q-value]
http://genomics.princeton.edu/storeylab/qvalue/index.html
http://cran.r-project.org/web/packages/qvalue/index.html

使い方

> install.packages("qvalue") # 一回だけ
> library("qvalue")
> qvalue(VECTOR_OF_P_VALUES)

Benjamini-Hochberg なFDRについては、フツーにstat packageに、p.adjustなんていう関数で入っているらし。

http://www3.atword.jp/kmgs/2009/01/27/r%E3%81%A7false-discovery-rate-fdr%E3%82%92%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%81%99%E3%82%8B/

使い方

> p.adjust(VECTOR_OF_P_VALUES, "fdr")