2004-07-01から1ヶ月間の記事一覧

滑り説

bio

http://www.ee.seikei.ac.jp/~seiichi/lecture/Biomedical/12/12-DNA.html TATAを認識するのは、DNAの上を滑って行くんだとか。知らなかったわん。勉強不足。元ネタはこれかな。 Coleman RA, Pugh BF. Evidence for functional binding and stable sliding o…

emacs-wiki

http://d.hatena.ne.jp/kwg/20040728#p3 http://risky-safety.org/~zinnia/d/2004/07/#20040729-t0-h1-p0 http://members.iinet.net.au/~mtriggs/emacs-wiki.html http://repose.cx/emacs/wiki/wiki-markup.html http://www.teria.com/~koseki/emacswiki/Ema…

原稿書きはRD? WiKi?

http://d.hatena.ne.jp/kwg/20040727#p1 http://risky-safety.org/~zinnia/d/2004/07/#20040728-t0-h0-p2 zinniaさんは、原稿を書くのはRD -> Wikiに移行したそうです。やっぱり、最近の流行りはWikiかぁ。ただ僕は、自宅のPCでも新幹線の中でも、設定要らず…

jaspar

bio

http://d.hatena.ne.jp/kwg/20040711#p6 http://jaspar.cgb.ki.se/DOWNLOAD/SITES/ ついに、ついに元のアラインメントが公開! これで、TRANSFAC -> JASPARへの移行が進行するか?

exonerate v.s BLAT

http://d.hatena.ne.jp/kwg/20040727#p2 http://210.138.43.10/~kasukawa/d/?date=20040726 比較は、下記論文を参照。 Curwen V, Eyras E, Andrews TD, Clarke L, Mongin E, Searle SM, Clamp M. The Ensembl automatic gene annotation system. Genome Res.…

exonerate

http://210.138.43.10/~kasukawa/d/?date=20040726#p02 http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/ 時間が2倍程度だったら、(僕にとっては)ライセンスがGPLなexonerateの方が使いやすいな。

「いまさらだがscreen萌え」なヒト

http://itoshi.tv/d/?date=20040727#p02 http://risky-safety.org/~zinnia/screen/ http://www.rubyist.net/~rubikitch/computer/screen/ まぢでー。そんなにべんりになるんだ。ボクも「いまさらだがscreen萌え」とつぶやく日が近そうな予感 (でも今日は眠い…

ついにdebianに毒されてきた...

'rpm -q' じゃなくて、'dpkg -l' と自然にうってる自分に気付く。

pstoedit

http://www.pstoedit.net/pstoedit http://home.t-online.de/home/helga.glunz/wglunz/pstoedit/pstoedit_linux_bin.tgz http://home.t-online.de/home/helga.glunz/wglunz/pstoedit/pstoedit_linux_3rdplibs.tgz redhat9のrpmが見つからなかったので、上記t…

openoffice.orgに、epsファイルをインポートする

http://openoffice.s16.xrea.com:8080/pukiwiki/pukiwiki.php?%5B%5BFaq%2FDraw%5D%5D pstoeditで、emfファイルにしてからインポート。

openoffice.org 1.1.2

redhat9用のrpmが、まだでてないみたいなので、専用インストーラで。これも結構、快適ぢゃん。今度の原稿は、diaじゃなくてsimpressにトライ。(pentium II 400MHzな貧弱マシンでも、それなりに快適に動いてる)

BioDB-Updator

http://www.biogrid.jp/pdf/data2_PDF.pdf lftpをgoogleってたら、ぶちあたった逸品。びっくらこいた。

top

本題とは異なりますが、コネクションを切られないために、僕もtopつかってます http://210.138.43.10/~kasukawa/d/?date=20040721 http://blog2.myu-k.co.jp/monar/archives/000157.html

lftp is cool!

lftp ... http://d.hatena.ne.jp/kwg/20040620#p6「'-c'をつかえばいいぢゃん」という隣のヒトのつぶやきで、ミラーリングにとっても便利なことが発覚。fmirror(結局使ったこと無いケド)、wgetを越えたカモ。proxy経由のヒトは、'.lftprc' を次のように。 se…

別件な原稿

bio

すすまぬ...

また、CDつくった。

etc

こんども、なかなか良い出来。

jaspar

bio

http://jaspar.cgb.ki.se/cgi-bin/jaspar_db.pl にて、「matrixだけじゃなくって元になってるアラインメントを公開しようよぉ」とB氏を煽ってみたら、結構好感触。TFBSまわりのbioinformaticsやってるヒトには、とっても有難いデータになるハズ。

久し振りに

bio

研究者モード'only'な一週間。結果が出ない〜とか言ってたけど、その後、フツーの結果はだせたんで、胸はって参加してきました。独力でも研究できる感触は掴んだんで、あとは、のめりこみたいテーマと覚悟だな。あと、前回とちがって、内輪で揉めることもな…

かずさセミナ3

bio

hogedさんのタイトルがhigeに...

かずさセミナ2

bio

なんかいろいろありすぎて、頭がflashしてたみたい。他にもいろいろ、話したいこととかあったはずなのにな。とりあえず、「おわったー」感だけで、楽しんでしまった。あと、いまbono氏のtdiaryにつながらないので、ココに。 「こないだ新しくつくったCDを持…

かずさセミナ

bio

飛びこみで宿泊までお願いしてしまい、御手数をおかけしました。これからはちゃんと、wikiも追うようにします。

えっ?

etc

7月は、まだメモしてなかったんだ...。確かにその間、他のヒトのblogを読むことすら、できてへんわ。