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PLoS oneは、ベータ版じゃなくなってた

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http://en.wikipedia.org/wiki/PLoS_ONE そういや2006のスタート時点ではベータ版だったよな…と思っていたら、2008年でもうベータじゃなくなってたそうな。

jksrcのURL

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/ いつも見失うので、再度メモ。 ちなみに、bigWigMergeが現れた。 http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Genome_Browser_Software_Features#4_April.2C_2011_v249

jksrc / hg18のENCODE regulation trackの設定

src/hg/makeDb/trackDb/human/hg18/trackDb.wgEncode.ra より、かいつまんでみる。 top levelは、superTrack (wgEncodeReg) 2nd levelは、container multiWig (wgEncodeRegTxn, wgEncodeRegMarkEnhH3k4me1, ...) 3rd levelにフツーのwig。 track wgEncodeReg…

jksrc / ucsc でのトラックグループ

http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Local_tracks_at_mirror_sites hg.confに db.grp=grp_lab,grp と書く。

jksrc / hgBbiDbLink / bigBedやbigWigファイルをloadする

src/hg/makeDb/trackDb/READMEより。 The database loading procedure is hgBbiDbLink hg19 myLocalBigWig /gbdb/hg18/bbi/myLocalBigWig.bw which is equivalent to: hgsql hg19 -e 'drop table if exists myLocalBigWig; \ create table myLocalBigWig (fi…

jksrc / trackDB.ra / Container tracks

とかいいながら、compositeと同じようにグルーピングするスキームとして、'container'というのがある。aggregateできる、ということらしいので、最近ENCODE regulation track用に追加されたコンセプトなのかもしれない。 Container tracks are yet another w…

jksrc / trackDB.ra / compositeTrack

トラックをグルーピングしたものを、COMPOSITE TRACKS, グルーピングされている各々のトラックをsubtrack、と呼ぶ。たとえば、vegaGeneの定義 in ./src/hg/makeDb/trackDb/human/hg19/trackDb.ra track vegaGeneComposite compositeTrack on shortLabel Vega…

jksrc / trackDB.ra / include

./src/hg/makeDb/trackDb/human/hg18/trackDb.ra の中で include trackDb.encode.ra なんてこともできる

jksrc / trackDb ドキュメント

src/product/README.trackDb src/hg/makeDb/trackDb/README メモ。

Google Body

http://bodybrowser.googlelabs.com/ http://www.googlelabs.com/show_details?app_key=agtnbGFiczIwLXd3d3IVCxIMTGFic0FwcE1vZGVsGJm1uQIM わぉ! http://www.gadgetpaper.com/google-body-browser-review-features-and-how-to-guide/ http://www.wonderhow…

Mac上でjksrcのビルド

http://d.hatena.ne.jp/kwg/20090805/p1 配布されているバイナリではbigWig over httpsができなかったので、久しぶりにビルドを試みる。USE_SSL=1としないとSSLとリンクしてくれない、とか若干だけ勝手がかわっているのでメモ。 export MYSQLINC="/opt/local…

NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium

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http://www.roadmapepigenomics.org/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics http://www.genboree.org/epigenomeatlas/edaccDataFreeze2.rhtml epigenomeで思いだした。そういえば、コイツらもヤバいよ。

epigenomeな図

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そのヒトは、コレもつかっていた。美しい http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7205/images/454711a-f1.2.jpg http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7205/fig_tab/454711a_F1.html Nature 454, 711-715

A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies

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NHGRI GWA Catalog http://www.genome.gov/gwastudies/ http://www.genome.gov/multimedia/illustrations/GWAS_2010_2nd.pdf セミナで、コレをつかっているヒトがいた。重宝しそう。

いろいろアクセス

3hもかけていろいろアクセスして大変に疲れました。その中で記憶に残るDBを。 http://omics.tmd.ac.jp/icod_pub_eng/portal/top.do 症例をかなり詳細まで見ることができるのが大変参考になる。 http://www.genome.jp/kusuri/ http://www.japic.or.jp/index.h…

NCBO BioPortal

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http://bioportal.bioontology.org Ontologyのwidgetを提供している、というのがなかなか面白い。たとえば、 http://bioportal.bioontology.org/ontologies/44324 のontology widgetをクリックすると、widgetのソースコードが出てくるので、それを貼付ければ…

Ten Simple Rules for Editing Wikipedia

http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000941 でたぁ PloS Comput BiolのTen Simple Rules。Alex Batemanといえば、DB issueなヒトはお世話になったことを覚えているでしょうが(ちなみに、今は違うヒトがeditor)、今はWiki…

Public data archives for genomic structural variation

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http://www.nature.com/ng/journal/v42/n10/full/ng1010-813.html へー。DGVa@EBIとかdbVar@NCBIとかができてたんだ。メモ。そりゃそういうデータベース、必要だよね。ENSEMBLでは見えるけどUCSCには入っていないのか...ENSEMBL genome browserがイイと思う…

Knome Inc.なサービス

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Knomeの実際のサービスをきいたのは始めてかな? - オジー・オズボーンなゲノム http://www.barks.jp/news/?id=1000061874 http://slashdot.jp/idle/10/06/19/036225.shtml

気をつけよう

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6時間未満の睡眠しか撮っていない人は、早く亡くなる可能性が 12% 高い http://lifehacking.jp/2010/05/the-24hour-layout/ http://www.journalsleep.org/ViewAbstract.aspx?pid=27780 http://futurity.org/health-medicine/just-dying-for-too-little-sleep…

23andmeのブログ

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http://spittoon.23andme.com/ きちんとした記事が掲載されている印象。一般の人向けに、ってゆーか、写真が綺麗なのは大きいかも。

SNPedia

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http://www.snpedia.com/index.php/SNPedia

23andmeキットを買う方法

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今、気づいた。残念ながら、サービス対象に日本が入っていないのだけれど https://www.23andme.com/help/ アマゾンで買えるようになってる!23andme DNA鑑定キット Complete edition出版社/メーカー: 23andmeメディア: ヘルスケア&ケア用品 クリック: 181回…

Sage Commons Congress

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のぞいてみる。http://sagecongress.org/WP/program から、スライドがavailable。 GWAS/eQTL等のgenetic variation + omicsデータ (Global Coherent Data、と彼らが定義している)がメインターゲット。他のものは"accompanying" このあたりの解析手法をきちん…

Sage Bionetworks

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http://sagecongress.org/ http://www.sagebase.org/ ちょっくらのぞいてみよう

碧眼と連鎖する遺伝子

http://www.springerlink.com/content/2045q6234h66p744/ http://slashdot.jp/science/10/02/15/0143213.shtml OCA2 - ヒトゲノムマップでは、EYCL1&3として載っているブツ

痛風の原因遺伝子?

http://www.asahi.com/science/update/1104/TKY200911040459.html メモしておかなきゃ、と思ってわすれてた。

意外と知らない?: Rのrepeatコマンド

> x = cbind(c("seq1","seq2","seq3"),c(2,1,3)) > x [,1] [,2] [1,] "seq1" "2" [2,] "seq2" "1" [3,] "seq3" "3" > rep(x[,1],x[,2]) [1] "seq1" "seq1" "seq2" "seq3" "seq3" "seq3"

意外と知らない?: Rの'table'コマンド

> x = as.data.frame( cbind(c("seq1","seq2","seq3"),c("libA","libB","libA")) ) > x V1 V2 1 seq1 libA 2 seq2 libB 3 seq3 libA > table( x ) V2 V1 libA libB seq1 1 0 seq2 0 1 seq3 1 0

意外と知らない?: jksrc

BLATとかgenome browserとかのアリキタリなツールだけじゃなくて、bed/pslまわりを扱うutilityといえばコレ。激早。スクリプトでコツコツかくのがバカバカしい。overlapSelectなんて、-inCoordCols / -selectCoordColsで、フツーのtab区切りまでカバーしちゃ…