2003-12-01から1ヶ月間の記事一覧

EMBOSS翻訳プロジェクト

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http://transgenic.cats.st/jambo/index.php?%5B%5BEMBOSS%CB%DD%CC%F5%A5%D7%A5%ED%A5%B8%A5%A7%A5%AF%A5%C8%5D%5D お年玉とまではいきませんが、releaseへ向けて大きく前進。さぁ、みなさんもreviewしましょう。

POP辞書エンジン

http://www.popjisyo.com ichan::Weblogさんより。こいつはすごい。ソースをみると、とんでもないことになってます。ローカルに保存しても、同じpopupが出て来るので、とっても便利そう。cortelさんが、こちら(↓)も紹介されてる。 http://www.rikai.com/perl…

MaXMLな論文

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おめでとうございます、は既に言いましたよね :-) MaXML: mouse annotation XML Takeya Kasukawa, Hidemasa Bono, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki and Hideo Matsuda In Silico Biology 4, 0003 (2003) http://www.bioinfo.de/isb/2003/04/0003/

CAGEな論文

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出てます Toshiyuki Shiraki, Shinji Kondo, Shintaro Katayama, Kazunori Waki, Takeya Kasukawa, Hideya Kawaji, Rimantas Kodzius, Akira Watahiki, Mari Nakamura, Takahiro Arakawa, Shiro Fukuda, Daisuke Sasaki, Anna Podhajska, Matthias Harbers, …

reviewしましょう! でないと、fixできないぢゃん。

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EMBOSS翻訳プロジェクト http://transgenic.cats.st/jambo/index.php?%5B%5BEMBOSS%CB%DD%CC%F5%A5%D7%A5%ED%A5%B8%A5%A7%A5%AF%A5%C8%5D%5D

GK version 7

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http://www.genomeknowledge.org/ gofriends MLよりメモメモ

よんでみたい論文

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Ichinose Memoさんより。 Negative Feedback Regulation Ensures the One Receptor-One Olfactory Neuron Rule in Mouse Shou Serizawa, Kazunari Miyamichi, Hiroko Nakatani, Misao Suzuki, Michiko Saito, Yoshihiro Yoshihara, and Hitoshi Sakano Scien…

emboss on Mac

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http://transgenic.cats.st/jambo/index.php?%5B%5B%BC%C1%CC%E4%A5%B3%A1%BC%A5%CA%A1%BC%5D%5D 困ってる方がいるようです。僕は全く役に立てないので、せめて貼っておきます。

eVOC v1.4

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http://www.sanbi.ac.za/evoc/ だそうです。gofriends MLより。

UniProtのライセンス

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changelog (not diary)より、メモメモ。SwissProtのライセンス関連がクリアになるまでは...という事情なのですね。まぁでも、2005年1月からfreeになるということは、あと、丸一年。そのうちfreeになるんだし、この一年の使用については、SwissProtさんも大目…

fedora jp wiki

http://www.linuxml.net/wiki/?FrontPage さっそくkernel2.6対応、ってハナシも出てますね。さすがにアグレッシブな感じです。 http://slashdot.jp/articles/03/12/20/0956222.shtml?topic=61

ヒトゲノムの60%は転写?

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http://d.hatena.ne.jp/kwg/comment?date=20031214#c う〜ん、僕は知らないです。引続き、情報ぼしゅー。

Suffix array関連

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changelog(not diary)より http://www.cs.iastate.edu/~cs548/references/arkk03simple.pdf http://www.computing.edu.au/~smyth/linear3.ps http://www.mpi-sb.mpg.de/~juha/publications.html http://www-igm.univ-mlv.fr/Seminaire/2003-2004/2003-12-02/…

NAR Database Issue

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http://nar.oupjournals.org/content/vol32/suppl_1/ 2004年版が、もう出たんですね。 EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer): finding disease-related imprinted genes Itoshi Nikaido, Chika Saito, Akiko Wakamoto, Yasuhiro Tomaru, Tak…

BioPerlの使用例

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追記しました http://d.hatena.ne.jp/kwg/20031215#p2

IEの新セキュリティーホールとはてなダイアリーXSS対策

http://www.st.ryukoku.ac.jp/%7Ekjm/security/memo/2003/12.html#20031216_IE 御自分でサーバ管理されてる方のために、一応貼っておきます(はてなの方は、fixされたみたいですが。

EMCがVMwareを買収、5ヶ月間で3社目

http://japan.linux.com/news/03/12/16/1213230.shtml?topic=1 ふーん。買収元がMSじゃなくって良かった、とでも言うべきなのかな?

ソフトウェア特許の禁止に向けて、今こそ行動の時

http://japan.linux.com/opensource/03/12/15/1630220.shtml?topic=1 少くとも、僕の中ではソフトウェア特許の是非について結論は出てません。参考資料として、メモメモ。

より緊密なデスクトップ・コラボレーションを目指すKDEとDebian

http://japan.linux.com/enterprise/03/12/16/0851215.shtml?topic=1 とっても期待。商用アプリの .deb 化は、どのくらい/いつぐらいになるんだろう? 興味津々でwatch。

GIW2003いろいろ

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やはり、なんだかんだいっても学会ですね。楽しい。いろんなヒトに会えました。半分以上の方々は、hub氏経由です。感謝。JAMBOなヒトにも会えて嬉しかったです。晩飯後、追加で30分ばかり、msn氏を交えてちょっとだけトーク。ぜひ、お伺いしたいです。遊びに…

分子生物学会、交流会その他

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bioinformatics-jpより(MLへのリンクは、さぼってしまいます)。 竹中先生 - BioPerlへの道. http://yebisu.ics.es.osaka-u.ac.jp/~takenaka/weblecture/bioperl-1/index.htm ぼうのうさん - WING http://dnamicroarray.org/docs/031210wing/ http://dnamicr…

GIW2003

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すっごく久し振りのGIW。なつかしいです。昔は、わからない話しかなかったけど、さすがに3年も経つと「これはイケル」「あ"ぁ〜」ってな感想を持つようになりました。それはともかく収穫は、A氏とK氏に、久し振りにお会いしたこと。あと、T先生、H先生とお…

「ヒトゲノムの60%は転写」に至るロジック

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http://d.hatena.ne.jp/kwg/comment?date=20031027#c M@ジャックスさんからフォローを頂いていたのに、今頃気付きました。申し訳ありません > Mさん。 数字のツジツマに関しては、Mさんの説明で納得しました。ありがとうございました。

よんでみたい論文たち

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Informatics and data management in proteomics David Fenyo and Ronald C. Beavis This article explores the different structures of proteomics data at a variety of scales and how that data can be manipulated to answer biological questions. A …

Creative Commonsの日本語ドラフト

http://www.creativecommons.jp/licenses/jp/ccpl_j.html 出てたみたいです。えらい! と思うのは、(GPLの日本語訳のような)単なる翻訳ではなく、日本の法律でも有効なように工夫がされていることです(本当に有効かという点については、僕には判断できないで…

超離散化

etc

http://www.math.waseda.ac.jp/~daisuke/public/papers.html Ichinose memoさんより、メモメモ。こりゃ、必要に迫られないと勉強しない気がする... ^^;

flash for linux

etc

http://f4l.sourceforge.net/ linux on flash (memory)、と見間違えてしまった。ダメダメ。

楽界、もとい学会

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みなさん、分生ですね。神戸で皆さんと飲めないのが残念です。でも、これだけWINGなヒトが増えたから、皆さんの感想を見るのが楽しみです、ハイ。 ちなみに、GIWは覗きに行けることになりました。

よんでみたい論文たち

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"Supervised Detection of Regulatory Motifs in DNA equences". Sunduz Keles, Mark J. van der Laan, Sandrine Dudoit, Biao Xing, and Michael B. Eisen http://www.bepress.com/sagmb/vol2/iss1/art5 アッチ系のメソッドの続きなのかな。 "Transformatio…

EMBOSS2.8.0 on biolinux

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http://www.biolinux.org/emboss.html でてますね。redhat7.3から9まで対応してるみたい。