なんとか〆切にかけこみました。英語じゃないとスルーされ、日本語じゃないとスルーされ、とかくこの世は難しい。沖縄は結局悔しい思いをしましたが、今回は辿りつきたひとおもふ。

The 3rd Virtual Training Workshop on Bioinformatics http://www.abren.net/workshop/ http://gibk21.bse.kyutech.ac.jp/abren2009/abren/download/ http://gibk21.bse.kyutech.ac.jp/abren2007/abren/

http://www.geneontology.org/GO.downloads.ontology.shtml yes! 最近使っていなかったとはいえ、あの小難しいファイルを見なくてよくなるのはすごくうれしい。

% cat file.bed | awk '{printf "nibFrag -name=\"%s:%d-%d,%s\" -masked ~/db/nib/%s.nib %d %d %s /dev/stdout \n", $1,$2,$3,$6,$1,$2,$3,$6}' | bash | cat > file.fa こちらを参考に http://www.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2006-November/012192.ht…

% dnaMotifFind dnaMotifFind - Locate preexisting motifs in DNA sequence usage: dnaMotifFind motifFile sequence.fa output.tab options: -markov=level Level of Markov background model - 0 1 or 2 -background=seq.fa Sequence to use for backgrou…

http://motdb.dbcls.jp/?AJACS6.5 楽しそ。メモ。

Cytoscape 2.6.1から。 http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/ScriptingPlugins すご。メモ。

http://www.hgc.ims.u-tokyo.ac.jp/~tshibuya/classes/ すご。中身みてないけど、何かのときにおススメできるかも

http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/105/23/7899 http://slashdot.jp/science/08/06/12/1132215.shtml 試験管の中の分子進化も理論的には面白いと思いますが、こちらはもっと魅力的。面白い実験。

おぉ。これですこれこれ。

若干、気味がわるいところがリアルっぽいのかも。アノCGはガンダムちっくな感じだったのと好対照。

http://www.nhk.or.jp/zero/contents/dsp199.html 再放送(3/7 19:00-)待ち。ナニカガ映ってる、はずだとおもふ。

Browser Extensible Data (BED) Format、らしい。 http://www.soe.ucsc.edu/~kent/gbd.html UCSCのFAQとかHELPには略がかいていないので、見つけるのに結構手こずった。

http://sbgn.org/doku.php?id=super-hackathon こちらはhackathonにprefixがついて、Super-hackathon(Spec-a-thon)！

http://hackathon.dbcls.jp/ http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/open-bio-info/2008/000092.html http://d.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20080202/BioHackathon2008 おぉ。DBCLS主催でこんなことが！すばらし。

なんとか顔出す予定だったんですけど...いけなくなりました。ごめんなさい。JSBi年会、おカネはらっちゃったので最終日だけでもいきたいです。はい。

(誰か) ちぇいどう、っていうふうに最初教わったんだけど、これでいいの？ (スコット) ちゃど、っていつもいってるけどね (スージー) そうよ、ちゃどよ。これって日本語なのよ。ね、そうでしょ？ (ぼく) ちがう。ホントはさどう、っていうの。日本語では。 (…

http://wiredvision.jp/news/200710/2007101921.html http://sankei.jp.msn.com/world/europe/071019/erp0710190941000-n1.htm http://d.hatena.ne.jp/rna/20071019/p1 じいさんだからモウロクして、というわけではないよね?...と思ったら http://www.cnn.co…

http://www.zotero.org/ http://lifehacking.jp/2007/02/zotero-beta/ すげ。今、Papersを使ってるんだけれど、これもすげぇ。メモ。

CRANで配布されているインストーラを使ってインストールした場合、biocLite()を使わなくてもよくなってる！ (R-2.5.1)。いつの頃からの機能か知らないけど、linuxあがりの僕としてはbiocLiteをググってみつける必要がなくなるので、とても助かる。 メニュー…

CASIMIR - Coordination and Sustainability of International Mouse Informatics Resources http://www.casimir.org.uk/ マウスな統合データベース系のプロジェクト。まぁあたりまえですけど、目的の数だけ統合の方向というのはあるわけで。こちらはEUがが…

http://www.google.co.jp/search?q=mirbase&lr=lang_ja&ie=utf-8&oe=utf-8&aq=t&rls=org.mozilla:ja-JP-mac:official&client=firefox-a http://wingpro.lifesciencedb.org/dbpwiki/index.php/MiRBase ヒット率高し。オリジナルへのリンクを探して、タイトル…

http://togotv.dbcls.jp/ http://bonohu.jp/t/20070807.html#p02 ライフサイエンス統合データベースセンターが配信する動画置き場、という言い方でいいのかな。すばらしい。こういうところから(も)リソースを充実させていく、という着眼点には大賛成です。当…

最近はとんとご無沙汰だった、最新linux distribution。CentOSとか、Gentooとかいってた頃が懐かしい...いま手を出すならUbuntuしかないでしょう！ということで。Ubuntu on Parallels。親亀の上に、孫亀のりすぎ。今時まさか...とはおもったけど、やっぱりハ…

http://www.springer.jp/japan/lifescience/j73464.html ISBN:9784431734642 ついに、ついに、発売が開始されてます！宣伝文句はコチラ 本書は，統計計算環境Rを基盤に作られたバイオインフォマティクス解析パッケージ集“Bioconductor”の手引書である． プロ…

http://d.hatena.ne.jp/sivad/20070421#p1 http://www.shinchosha.co.jp/foresight/web_kikaku/u127.html まったくもってsivad氏に同意。ただ、梅田氏がきちんと茂木氏のいわんとしているのを理解できているのかはよくわからない。彼はなんてったって研究者…

rubyforgeで、プロジェクトを立ち上げられていますね。すばらしい! http://rubyforge.org/projects/bioruby-annex/ http://d.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070411/bioruby_rails_plugins

http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/message/3167 http://www.jsbi.org/jsbi_new/kenkyukai/genomics.html http://www.kazusa.or.jp/workshop/genome2007/ 待望の、第一回。ただ、その頃は疲れきってる可能性大なので、参加できない...気が…

http://www.cytoscape.org/ http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/message/3168 メモ。

http://sci.gr.jp/project/rna/ http://sci.gr.jp/project/rna/gcode/ http://sci.gr.jp/project/rna/lecture/ 立花氏がRNA研究に入れ込んでいるのがよくわかる。塩見先生のレクチャーは、さすがにまとまっていてすばらしい。また立花氏自身の筆による「ゲノ…