% cat file.bed | awk '{printf "nibFrag -name=\"%s:%d-%d,%s\" -masked ~/db/nib/%s.nib %d %d %s /dev/stdout \n", $1,$2,$3,$6,$1,$2,$3,$6}' | bash | cat > file.fa こちらを参考に http://www.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2006-November/012192.ht…

% dnaMotifFind dnaMotifFind - Locate preexisting motifs in DNA sequence usage: dnaMotifFind motifFile sequence.fa output.tab options: -markov=level Level of Markov background model - 0 1 or 2 -background=seq.fa Sequence to use for backgrou…

http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.0/emboss/apps/jaspscan.html EMBOSS-6系には、jaspscanなるものがあるらしひ。jaspextract、っていうのを使ってデータをセットしておけば、matrixにはIDでアクセスでき、matrix scanがとってもお手軽。