nibファイルを利用した bed2fasta
% cat file.bed | awk '{printf "nibFrag -name=\"%s:%d-%d,%s\" -masked ~/db/nib/%s.nib %d %d %s /dev/stdout \n", $1,$2,$3,$6,$1,$2,$3,$6}' | bash | cat > file.fa
こちらを参考に
http://www.soe.ucsc.edu/pipermail/genome/2006-November/012192.html