http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGenome こんな図が一瞬でかけるのよ。

BMC Bioinformatics 2009, 10:221 http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/221 おぉ。こんなのアリかよー。

賛同してくれる心強い方が数名いらっしゃいましたので、着々とすすめたいと思いますです。時間はまったく無いけれど。

次世代シーケンサから出てくるshort readのアラインメントを扱うときのフォーマット。今のところ、一番デファクトに近いところにいる、といえるでしょう。 http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml SAM to…

頑張ってくださいませ ;)

http://www.nytimes.com/2007/12/12/science/12watson.html http://www.timesonline.co.uk/tol/news/science/article3022190.ece http://www.slate.com/id/2180067/ http://d.hatena.ne.jp/kwg/20071022/p5 ずいぶん前の話だけれど、こんな話題があったので…

http://slashdot.jp/science/09/10/30/0739239.shtml http://jp.reuters.com/article/oddlyEnoughNews/idJPJAPAN-12181520091029 Cereb Cortex. 2009 Sep 10. [Epub ahead of print] BDNF Val66Met Polymorphism Influences Motor System Function in the Hu…

http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/index.html Galaxyの次はコレ、かも。MGED12でもワークショップが行われていたらしいブツ。ユーザ/現場目線なツールの香りがする。ワークフロー、って言いたいだけで現場の解析に興味の無いヒト…

http://hinv.jp/HEAT/help/help_jp.html ええ？これって、ほんとにGSEAっていうのかしらん?よくわかんないけど。 本家 http://www.pnas.org/content/102/43/15545.abstract

https://www.23andme.com/gen101/genes/ これまじいいっスよ。何も知らないヒトに対するとき、こんなに簡単に説明できるなんて。翻訳したいな。

http://integrativebioinformatics.nl/histone/TableToRDF.html http://integrativebioinformatics.nl/histone/resultSesameRDF.html こんな記事をみつけた。メモしとく。あ、あとこんなモジュールもある http://search.cpan.org/~arshad/RDF-Converter-CSV/

http://sswapmeet.sswap.info/map/map.owl http://sswapmeet.sswap.info/map/units http://sswapmeet.sswap.info/map/startPosition http://sswapmeet.sswap.info/map/endPosition http://sswapmeet.sswap.info/map/chromosomeNumber SemanticWeb/RDFなスタ…

「BioHackathon のまとまった記事としてははじめてのもの」とのことで、楽しく読ませていただきました。いつもはタイトルだけ眺めて、適当なところをつまみぐいしておわり、なことが多いのだけれど。なんか学会誌にこのトピックが掲載されるのが（いい意味で…

http://www.ebi.ac.uk/~brazma/ http://www.ebi.ac.uk/microarray/biology_intro.html タイトルが楽しい。どうやって翻訳すると面白いニュアンスがでるかなぁ？

PLoS Comput Biol 5(8): e1000482. doi:10.1371/journal.pcbi.1000482 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000482 Rのコースをビルドするのに役立ちそうな記事。121ページものスライドが置いてあったりもする(S1)。

少しハマったのでメモ。 # set MYSQLLIBS export MYSQLLIBS='/opt/local/lib/mysql5/mysql/libmysqlclient.a -lz /opt/local/lib/libssl.a /opt/local/lib/libcrypto.a' が必要。 http://charybdis.eeb.ucla.edu/brantswiki/published/InstallingBlat ちなみ…

Solving a Hamiltonian Path Problem with a bacterial computer. J Biol Eng. 2009 Jul 24;3(1):11 Authors: Baumgardner J, Acker K, Adefuye O, Crowley ST, Deloache W, Dickson JO, Heard L, Martens AT, Morton N, Ritter M, Shoecraft A, Treece J, U…

http://weblearningplaza.jst.go.jp/ 意外に豊富なコンテンツ。JST、意外と頑張ってます。統合TVと双璧をなすコンテンツだったりなんかして。「技術者の継続的能力開発や再教育の支援を目的とし、科学技術振興機構が無料にて提供する、技術者向けｅラーニン…

http://www.jove.com/ そういえば、メモってなかったっけ。

PLoS Comput Biol 5(7): e1000431. doi:10.1371/journal.pcbi.1000431 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000431#fn1 こういうプロジェクトがGenome center/projectからじゃなくってGOというフレームワークからでて…

http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.0030213 謙遜などわすれてしまえ 心の準備をせよ 年齢は重要である 賢さだけでは不十分である。勇気も必要だ。 ベストのコンディションを確保せよ 精一杯はもちろんだが、効率的に働け …

なんだかPLoS Computational Biologyの宣伝ばかりしてるみたいだ (^^; http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.0030229 情熱をもって成功への力とせよ 正しいメンター、研究室、プロジェクトを選択せよ 自分の頭で考えることが…

おもしろ http://collections.plos.org/ploscompbiol/corefacilities.php こんなトピックがある: The Need for Centralization of Computational Biology Resources Establishing a Successful Bioinformatics Core Facility Team Managing and Analyzing Ne…

http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_logo これをインプリして、Genome Resというのはなんだかすごい。 http://weblogo.berkeley.edu/ http://www.genome.org/cgi/content/abstract/14/6/1188 bioCのインプリ。 http://www.bioconductor.org/packages/2.4…

正式名称はEMBOSS Explorerだったそうな。てっきりEMBOSS GUIかと思っていました。いやだってURLが...とか言い訳しないように > 自分 http://embossgui.sourceforge.net/ ちなみにDBCLSでのミラーはこちら: http://emboss.dbcls.jp/ むむ。日本語化されてる…

http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2009-June/003607.html おぉ。よかったですね

https://symposium.lifesciencedb.jp/2009/poster.html JSBi会長な先生が、ご自身でポスターを出されるのですね。ちょっと一瞬びびった。今はその機会が無いのだけれど、ALNツールは、一度がっつり使ってみたい。「BLATもexonerateもダメダメ、ALNだよ」とか…

あれれ、メモしてなかったのでメモ [q-value] http://genomics.princeton.edu/storeylab/qvalue/index.html http://cran.r-project.org/web/packages/qvalue/index.html 使い方 > install.packages("qvalue") # 一回だけ > library("qvalue") > qvalue(VECTO…

% genePredToPsl -bedFormat ucsc_hg18 target.bed /dev/stdout | clusterPsl /dev/stdin /dev/stdout | awk '{printf "%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t\%s\n",$1,$2,$3,$14,$5,$6}' target.bedをcatでgenePredToPslへつっこまないコト。

http://www.wolframalpha.com/input/?i=ATTCTTTAATCGTA&a=DNAString_DNA なんだなんだ。Mathematicaでマッピングなんて、なんて、ゼイタク。ありえへん。でもコレ、あり、かも...?