Sage Commons Congress

bio

のぞいてみる。http://sagecongress.org/WP/program から、スライドがavailable。

  • GWAS/eQTL等のgenetic variation + omicsデータ (Global Coherent Data、と彼らが定義している)がメインターゲット。他のものは"accompanying"
  • このあたりの解析手法をきちんと考えたことがあまりなかったので、たいへん勉強になる
  • Paperをひくのは当たり前の中の当たり前。個々のデータとかモデルをreferenceするしくみを、Journalも含めてもりあげていきたい。
  • John WilbanksがCC0をぐいぐい押して「いなかった」ところが興味深い。genetic variationはやっぱり難しいわけで。norms, contracts, intellectual property, and privacy すべてを意識しないといけない。
  • データやツールだけでなく、societyを変えないとね
  • Science Commonsが、material transfer agreementにもコミットし始めているのが興味深い(UBMTA - http://ott.od.nih.gov/NewPages/UBMTA.pdf)。データのライセンスも大事だけれど、こここそが、最もessentialなところだと思う ( http://sciencecommons.org/projects/licensing/ )
  • AlzForum(http://www.alzforum.org/res/adh/default.asp)、がアルツハイマー病に関するモデルを収集してる。こういうアプローチもSage commonsにフィットするのかも
  • Chordoma Foundation http://www.chordomafoundation.org/ 患者サイドが業を煮やしてたちあげたfoundation。なんというか、きちんとうけとめないと。
  • GenePattern ( http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/ ) とか、GenomeSpace ( http://www.broadinstitute.org/science/projects/genomespace/genomespace ) とか、Broad inst. 存在感が増してきている感じ。GenePatternはMGEDでもfeatureされてたし。
  • NextBio ( http://www.nextbio.com/ ) が頑張ってる。どういうビジネスモデルなんだろう?
  • Alitora ( http://alitora.com/tech_overview.html )が、なんだかメインのレポジトリになるイメージみたい。Alitoraのcytoscape plug-inとかいっているし。ちょっと勉強しないと。これもビジネスみたいだけれど、どういうモデルなんだろう？

いずれにしても、wetとconnectionの無い（少ない）computational biologistにとっては垂涎のデータセットになることは間違いない感じがします。どんどんcontributionをしてあげましょう。