意外と知らない?: jksrc
BLATとかgenome browserとかのアリキタリなツールだけじゃなくて、bed/pslまわりを扱うutilityといえばコレ。激早。スクリプトでコツコツかくのがバカバカしい。overlapSelectなんて、-inCoordCols / -selectCoordColsで、フツーのtab区切りまでカバーしちゃうし。
最新版のupdate内容を追うならこちら。
http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Genome_Browser_Software_Features