Rで並列処理 (snowライブラリ)
http://www3.atword.jp/kmgs/2008/11/28/r%E3%81%A7%E4%B8%A6%E5%88%97%E5%87%A6%E7%90%86-snow%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%AA/ http://cran.r-project.org/web/packages/snow/index.html
applyをマルチCPUで並列化してくれればいいのに、とおもったらこんなのが見つかった。MPIとかなくてもR単品で動作するSOCKモード、というのがあるらし。
cl <- makeSOCKcluster(c("localhost", "localhost"))
という準備をしたら、parLapply, parSapply, parApplyとかが使えるようになる、はず。