EPDがupdate
http://www.epd.isb-sib.ch/
更新内容は、こんな感じらしひ。
- promoter sequence download of seqments in the range of -9999 and 10000 bp relative to the transcription start site enabled - files epd79.blk and epd79.seq (available on ftp site) contain now sequence data for EPD promoter entries in the range of -9999 to +6000bp relative to the transcription initiation sites. - entries EP73505 and EP73552 corrected
個人的には、Bio::DB::GFFを使い始めてからは、upstream sequenceの取得に困った感はないのだけれど。