BioTextUtils

2バイト文字を含むテキストの、文字数を数える

http://210.138.43.10/~kasukawa/d/?date=20040417#p01 これ、お世話になりました。 % nkf -e motif.rd | wc -mlw 381 584 8901

grep -c

http://catlover.myhome.cx/tdiary/?date=20040415 し、しらなかった...(汗)

sqlite

http://www.hwaci.com/sw/sqlite/ http://www.hwaci.com/sw/sqlite/datatypes.html http://www.net-newbie.com/sqlite/lang.html 実は、join等のコマンドがあまり得意じゃありません。ここ数日、便利さを実感してるのが、sqlite。以前、ngsmさんの日記で見た…

splitでハマった事例

http://itoshi.tv/d/?date=20040414#p03 splitは、ファイルを指定した長さで切るのにとっても便利。ハマることがあるので注意が必要。例えば、 % split -l 100 foo.txt とすると、foo.txtを100行毎に分割したxaa, xab, ...というファイルができる。xzzまでい…

染色体をてきとーに分割してMulti FASTAにする

http://itoshi.tv/d/?date=20040413#p02 ここんとこBio::DB::GFFでコト足りてたんですが、このヘンが簡単にできると痒いところに手が届きます。何気にタイムリー。Thanks! % splitter 1.fa -size 10000 -overlap 1000 -outseq 1.splited.fa ちょっと思ったん…