BLAST 2.2.13 - kwg memo

http://tn.minidns.net/t/?date=20051213#p02
http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/blast_whatsnew.shtml#20051206
http://images.apple.com/acg/pdf/AGBLAST229-PerfData22Jun04.pdf

word-sizesを大きくしたとき、ドラスティックに高速になるようエンジンが強化されてる(megablastでは、とっくに採用されてたらしいけど)。何年か前にappleから発表されたblast(agblast)を参考にしているとのこと。BLASTが早くなって、BLAT(BLAST-like Alignment Tool)っぽくなる? ん? 循環してる?