2011-02-03

compositeTrack

bio comp

トラックをグルーピングしたものを、COMPOSITE TRACKS, グルーピングされている各々のトラックをsubtrack、と呼ぶ。

たとえば、vegaGeneの定義 in ./src/hg/makeDb/trackDb/human/hg19/trackDb.ra

track vegaGeneComposite
compositeTrack on
shortLabel Vega Genes
longLabel Vega Annotations
group genes
priority 37.1
visibility hide
chromosomes chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19,chr20,chr21,chr22,chrX,chrY
type genePred vegaPep
urlLabel Vega Transcript:
url http://vega.sanger.ac.uk/Homo_sapiens/transview?transcript=$$

    track vegaGene
    subTrack vegaGeneComposite
    shortLabel Vega Protein Genes
    longLabel Vega Protein-Coding Annotations
    priority 1
    color 0,50,225
    html vegaGeneComposite

    track vegaPseudoGene
    subTrack vegaGeneComposite
    shortLabel Vega Pseudogenes
    longLabel Vega Annotated Pseudogenes and Immunoglobulin Segments
    priority 2
    color 30,130,210
    html vegaGeneComposite

2011-02-03

jksrc / trackDB.ra / include

bio comp

./src/hg/makeDb/trackDb/human/hg18/trackDb.ra　の中で

include trackDb.encode.ra

なんてこともできる

2011-02-03

jksrc / trackDb ドキュメント

bio comp

src/product/README.trackDb
src/hg/makeDb/trackDb/README

メモ。

2011-01-31

SVGの編集ができるLibreOffice 3.3

comp

http://www.documentfoundation.org/
http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1101/27/news016.html
http://gihyo.jp/lifestyle/column/newyear/2011/openoffice-prospect
http://slashdot.jp/it/11/01/29/239249.shtml

いやー、時代は進む。SVGの編集がdrawでできるようになるなんて。コイツはキラーアプリ。

ちなみに、OOoをフォークしたLibreOfficeの方が、今後のlinux distributionにはバンドルされるそうな。とすると、OOoを使い続ける理由が特にない。今インストールしたら、LibreOfficeでちゃんとxlsxも扱えるし。なんといってもOOoなんてわけのわからん略から解放されるのが良い。

2011-01-28

Google refine

comp

http://code.google.com/p/google-refine/

せっかくn氏に教えてもらったのに、メモっていなかったので急いでメモる。

2011-01-28

Google Body

bio comp

http://bodybrowser.googlelabs.com/
http://www.googlelabs.com/show_details?app_key=agtnbGFiczIwLXd3d3IVCxIMTGFic0FwcE1vZGVsGJm1uQIM

わぉ！

http://www.gadgetpaper.com/google-body-browser-review-features-and-how-to-guide/
http://www.wonderhowto.com/how-to-use-google-body-browser-for-crash-course-human-anatomy-0123221/

firefox4 betaを入れて試してみたけれど、これはやばスギル。

2011-01-20

Mac上でjksrcのビルド

bio comp

http://d.hatena.ne.jp/kwg/20090805/p1

配布されているバイナリではbigWig over httpsができなかったので、久しぶりにビルドを試みる。USE_SSL=1としないとSSLとリンクしてくれない、とか若干だけ勝手がかわっているのでメモ。

export MYSQLINC="/opt/local/include/mysql5/mysql/"
export MYSQLLIBS="/opt/local/lib/mysql5/mysql/libmysqlclient.a -lz -lssl"
export PNGLIB=/opt/local/lib/libpng.a
export PNGINCL="-I/opt/local/include"
export USE_SSL=1
export USE_BAM=1
export SAMDIR="INSTALLDIR/samtools-0.1.12a/"

なんだか、こんなドキュメントもできてて、ちょっとだけ普通のソフトウェアに近づいたかな。それでも敷居は高いかも。

src/product/README.building.source